Falsafah dan matlamat penubuhan Pondok Sungai Durian adalah seperti berikut:

  
a) Untuk melahirkan satu generasi dari umat Islam yang boleh dan mampu untuk melaksanakan tanggungjawab sebagai hamba kepada Allah SWT dan juga sebagai kalifah di muka bumi ini.

b) Memberi pendidikan ilmu kepada pelajar-pelajarnya yang boleh membawa mereka mengenali Allah SWT pada tahap yang dikehendaki oleh syariah Islam. Mengenali hakikat alam ini serta hakikat insan.

c) Untuk mendidik akal dan hati supaya memiliki ciri-cirinya yang sebenar yang diperlukan oleh sebuah masyarakat yang mana merupakan paksi yang kukuh dalam pembentukan peribadi muslim yang hakiki lagi berwibawa.

d) Untuk melahirkan para ilmuan yang mempunyai keperibadian yang bersepadu, dengan itu maka mampu mereka menyelesaikan masalah-masalah yang timbul di kalangan masyarakat melalui acuan-acuan Islam yang sebenar.